Projekt 2009

DNA-kartläggning av svenska mandatsorter av äpplen

Noggrann och stabil identifiering av genotyper i en genbankskollektion är väldigt viktigt eftersom felbestämda sorter kan orsaka stora problem för forskare, växtförädlare, plantskolister, odlare och övriga intressenter. I Sverige finns det ca 220 gamla, unika, mandatsorter av äpple, ofta med god klimatanpassning. Tyvärr finns det en hel del tveksamma bestämningar av sortmaterialet, likaså finns det viss oklarhet om många sorters ursprung. Användning av DNA-markörer är ett effektivt sätt att identifiera sorterna och kartlägga genetisk diversitet och genetiskt släktskap mera noggrant än med t.ex. bara morfologiska egenskaper.

Identifiering av päronsorter med hjälp av DNA-markörer

Under 2008 påbörjades sortidentifiering av 51 päronsorter, från Balsgårds samlingar samt från olika klonarkiv. Analyserna kompletterades med mera material under 2009.

Genetisk diversitet i växter inom POMs inventeringar

Projektet omfattar molekylära analyser av växtslag ur fem av POMs upprop. Huvudmålsättning är att optimera urvalet till den nationella genbanken och att studera genetisk diversitet i inventerat material. Utgångspunkterna för de valda växterna varierar. En viktigt del i projektet är att trots olikheter dra generella slutsatser, som är applicerbara på de olika växterna, samt att presentera dessa i en gemensam vetenskaplig publikation. I tillägg ska de individuella delprojektens resultat spridas i artiklar.

Sortimentet i svenska plantskolor 1800-1950 - prydnadsträd, prydnadsbuskar, rosor och vegetativt förökade nyttoväxter

Projektet omfattar en inventering av det sortiment av träd, buskar, rosor och vegetativt förökade nyttoväxter, som fanns tillgängligt i svenska plantskolor under 1800-talet samt 1900-talets första hälft. Arbetet är tänkt att resultera i en enkel databas, som i ett första steg kommer att användas direkt i de aktuella uppropens praktiska insamlingsarbete. I ett andra steg används informationen för att underlätta det följande dokumentationsarbetet. Genom att uppgifterna registreras i NordGens informationssystem SESTO bidrar forskningsprojektet med värdefull dokumentation om, och referenser för, det framtida insamlade växtmaterialet. Ytterligare ett mål är att tillgängliggöra forskningsresultaten för allmänheten och andra forskare, genom SESTO och Svensk Kulturväxtdatabas (SKUD).

Genetisk variation hos kulturrosor anpassade för svenskt klimat (fortsättning)

För att underlätta identifierings- och klassificeringsarbetet vid POMs rikstäckande inventering av svenska kulturrosor som inleddes 2005 lades under 2007 grunden till en DNA-databas (referens-databas) för äldre kända kulturrosor. Detta har gjorts genom att ta fram så kallade DNA-profiler med hjälp av mikrosatellit-analyser av 160 kända arter och sorter från Fredriksdals Rosarium, Helsingborg.
De rosor (genotyper) som inte kan identifieras direkt vid inventeringarna samlas kontinuerligt in i form av rotskott och planteras i en provodling i Fredriksdals Friluftsmuseum, Helsingborg. Denna plantering påbörjades hösten 2006 och planeras att fortsätta tills inventeringarna slutförts 2010. Då inventeringen är avslutad beräknas totalt cirka 1200 okända genotyper ha inkommit till Fredriksdal. 

Andra steget i projektet innebär att DNA-profiler tas fram med samma metodik för de genotyper som vid inventeringarna visar sig omöjliga att bestämma med enbart morfologiska metoder. I många fall - när de morfologiska skillnaderna är små - är DNA-data från de enskilda plantorna till mycket god hjälp vid identifieringen. Bladmaterial till DNA-extraktionerna hämtas från provodlingarna på Fredriksdal.
Detta arbete startade under 2008 och DNA-profilerna från de första 220 okända genotyperna jämfördes i ett dendrogram (släktträd) med de i referenssamlingen kända sorternas DNA-profiler för sortbestämning eller åtminstone bestämning till sortgrupp.
Under 2009 fortsatte arbetet på samma sätt med ytterligare 100 nya okända genotyper funna vid den nationella inventeringen. Dessutom upprepades analyserna för ett antal genotyper som inte gett tillförlitliga resultat vid 2007 och 2008 års studier.

De erhållna resultaten kommer även att ge en bild av den genetiska variation som finns i det inventerade materialet. Detta kommer att vara till värdefull hjälp när den framtida nationella genbanken eller genbankerna skall utformas. Resultaten kommer att vara vägledande vid valet av mandatsorter.