Omikron-varianten BA.2 tog över i Sverige redan i början av mars

SEEC, ett svenskt miljöepidemiologiskt centrum som inrättades 2021, samlar varje vecka in avloppsvattenprover från reningsverk i flera svenska städer, och analyserar förekomsten av viruset SARS-CoV2. Med jämna mellanrum görs också mer detaljerade analyser av vilka varianter av viruset som förekommer i proverna.

I mitten av januari visade SEEC att varianten omikron hade konkurrerat ut delta redan i början av januari 2022. I början av februari visade sedan en fördjupad analys av prover från vecka 49 2021 till vecka 2 2022, hur den nya omikronvarianten BA.2 började sprida sig i Sverige under de första veckorna i januari 2022.

Ny detaljstudie av omikron BA.2

Nu har forskarna, som kommer från SLU och KTH, tillsammans med SciLifeLab, gjort en djupanalys av avloppsprover från vecka 3 till vecka 12, från Stockholm, Malmö, Uppsala, Örebro, Umeå och Kalmar.

– Tack vare storskalig sekvensering kan vi få fram mycket mer detaljerad kunskap kring de varianter som bidrar till vår veckovisa övervakning, säger Zeynep Cetecioglu Gurol, KTH-forskare vid SEEC.

Den nya analysen visar hur varianten BA.2 efter hand började bli vanligare än varianten BA.1, först i Malmö och Kalmar, och sedan i alla städer i studien. I början av mars dominerade BA.2 totalt i alla städer och från mitten av mars var BA.1 inte längre detekterbar.

– Vi kommer att fortsätta med storskalig sekvensering i prover från avloppsvatten, eftersom vi anser att det är ett viktigt komplement till sekvensering av kliniska prover, säger Anna Székely, SLU-forskare vid SEEC.

Forskarna vid SEEC har också undersökt om det fanns andra varianter än BA.1 och BA.2 i avloppsvattnet från vecka 3 till vecka 12, men hittade inga spår av några sådana.

Nya resultat från vecka 18

När det gäller förekomsten av SARS-CoV2 generellt i avloppsvattnet, som analyseras fortlöpande med den enklare metoden, ser forskarna att det för tillfället är relativt stabilt med medelhöga nivåer över lag. Det är långt ifrån de låga nivåerna under sommaren 2021 och fortfarande högre än hösten 2021. Just nu har till exempel Uppsala, Umeå och Örebro liknande nivåer som under första veckan i januari 2022.

– Mätningar av SARS-CoV2 i avloppsvatten är ett bra sätt att hålla koll på hur smittspridningen utvecklar sig. Just nu ser vi att det fortfarande finns mycket virus i avloppsvattnet även om trenden är att nivåerna fortsätter att minska, säger Maja Malmberg, SLU-forskare vid SEEC.

Resultaten för den löpande granskningen av SARS-CoV2 i avloppsvatten – som avser nivåer – publiceras varje vecka på den svenska Covid-19-dataportalen. Provtagningar görs på måndagar och resultaten publiceras fredag eller lördag samma vecka. Data om olika virusvarianter redovisas ungefär var 6:e vecka.

SEEC stöds av SciLifeLabs satsning Pandemic Laboratory Prepardness och SciLifeLabs Nationella forskningsprogram om COVID-19, finansierat av Knut och Alice Wallenbergs stiftelse.

Kontaktpersoner

Maja Malmberg, docent och forskare
SEEC och sektionen för virologi, institutionen för biomedicin och veterinär folkhälsovetenskap, SLU
018-67 27 77, maja.malmberg@slu.se

För frågor om Stockholm och Malmö:

Zeynep Cetecioglu Gurol, universitetslektor
SEEC och Industriell bioteknologi, KTH
08-790 82 51, zeynepcg@kth.se

Diagram

(Klicka för högupplöst diagram)

Förekomst av varianter av SARS-CoV2 i avloppsvatten från sex städer i Sverige, från vecka 44 2021 till vecka 12 2022. Graferna visar hur delta (rött) försvinner, och omikron (grönt) tar över. De övriga linjerna särredovisar förekomsten av omikronvarianterna BA.1 (gult) och BA.2 (blått) och visar hur BA.2 tagit över i början av mars. Källa: Anna Székely, SLU

Äldre nyheter

Omikron-varianten BA.2 syntes först i avloppsvatten från Malmö och Kalmar (220203)

Omikron dominerar nu nästan helt i avloppsvattnet (220117)