Det faktum att kallblodstravaren till största del härstammar ifrån två olika hästraser ger oss en unik möjlighet att studera gener som influerar kroppsformation och löpförmåga. Vår hypotes är att specifika kromosomregioner under stark selektion innehåller gener som påverkar dessa egenskaper.
Under 1900-talets första hälft korsades den nordsvenska brukshästen med varmblodig travare för utveckling av kallblodstravaren. Vår plan är att detektera det genflöde som skett från varmblodig travare till kallblodstravaren som resultat av inkorsning, och av den starka selektion för fysisk prestation hos kallblodstravaren som den traditionella aveln bidragit till. Kallblodstravaren härstammar från början ifrån den nordsvenska brukshästen som är en viktig dragare, tidigare använd mycket flitigt i jord- och skogsbruk. Under dom senaste 50 åren har det skett en dramatisk förbättring av travförmågan hos kallblodstravaren. Vår hypotes är att denna extrema förbättring i prestation hos kallblodstravaren delvis kan förklaras av en markant ökning av flera gynnsamma genetiska varianter härrörande från varmblodstravaren.
Inkorsningsprocessen skapar ”genetiska fotavtryck” i arvsmassan hos kallblodstravaren i form av kromosomsegment som härstammar från den varmblodiga travaren. Dessa ”genetiska fotavtryck” kan detekteras genom att scanna arvsmassan med hjälp av genetiska markörer (>50.000) hos kallblodstravare, nordsvensk brukshäst och varmblodig travare. För de allra flesta kromosomsegment förväntar vi oss att de två första raserna är mest lika, vilket reflekterar deras nära släktskap. Men för de kromosomsegment som bär på fördelaktiga genvarianter härrörande från varmblodstravaren förväntar vi oss att kallblodstravarna är mer lika varmblodstravarna.
Vi kommer att jämföra allelfrekvenserna av dessa genetiska markörer mellan de tre raserna för att identifiera kromosomregioner under selektion (genom att använda bl.a simpel Fst- statistik). Vår hypotes är att specifika kromosomregioner under stark selektion innehåller gener som influerar morfologi och fysiologi och som är av vikt för prestationsförmåga (snabbhet, uthållighet etc).
