Miljö- och värdspecifika faktorers påverkan på tarmens mikroflora och lipidmetabolism hos laxfiskar

Klimatförändringar, föroreningar och växande efterfrågan på livsmedel fortsätter att öka stressen på hälsa och produktion hos både vild och odlad lax. Nya bevis har visat att sammansättningen av lipider och fettsyror i laxfiskar kan påverka deras förmåga till migration, immunstatus och ämnesomsättning. Tarmmikrober spelar en viktig roll för att tillhandahålla fettsyror och andra viktiga näringsämnen för djur men forskning på fisk om det mikrobiella bidraget av näringsämnen och dietens påverkan på mikrofloran och fiskarnas genetiska ursprung saknas.

Det övergripande målet med projektet är att bestämma hur tarmmikrobiotan påverkar fettmetabolismen och de därmed följande hälsoeffekterna på lax. För att uppnå detta kommer följande studier att utföras:

1) metaanalys för att rangordna faktorer som påverkar tarmmikrobiotan

2) kvantifiera näringsämnen som produceras av mikrober i ett artificiellt tarmsystem (ex vivo)

3) fastställa effekten av probiotika på tarmens integritet och mikrobiota hos odlad lax

4) identifiera livsfas och genetiska effekter på tarmmikrobiotan hos vildlax (in vivo).

Förutom näringsanalyser kommer Illumina nästa generations sekvenseringsplattform (NGS) att användas för att identifiera tarmmikrober (16S och 18S rRNA) och genotypsmarkörer (SNP-chip).

I denna studie kombineras kompetens från SLU, Göteborgs universitet och Guelph University, Kanada för att förbättra vår förståelse för miljöpåverkan och värddjurs-faktorers inflytande på tarmmikrobiota och lipidmetabolism hos lax.

Doktorand:

Shuowen Cao, shuowen.cao@slu.se