Rödingen kartläggs genetiskt – ett viktigt steg för svensk fiskodling

Genetisk kartläggning lägger grunden för ett hållbart avelsprogram

Det svenska avelsprogrammet för röding (Salvelinus alpinus) har pågått i snart 40 år och har varit en viktig faktor bakom framgångarna för odling av röding i Sverige. Fram till idag har arbetet med avelsprogrammet omfattat klassisk kvantitativ genetik, där avelsfiskar väljs ut efter fysiska karaktärer och kända släktband. På senare år har det gjorts stora framsteg inom genetisk forskning, som kan förenkla och förfina avelsarbetet och som underlättar för en hållbar utveckling för framtiden.

Vid forskningsstationen i Kälarne, Jämtland, har nu ett första steg tagits för att uppdatera avelsprogrammet genom införandet av genomiska metoder, det vill säga användandet av den genetiska koden i arvsmassan för att till exempel identifiera extra värdefulla individer.

Nya genomiska metoder bidrar till stora framsteg inom avelsarbetet

Det är än så länge relativt ovanligt att använda genomiska metoder för att välja ut vilka fiskar som ska ingå i avelprogram. Kartläggning av arvsmassan är vanligtvis kostsam och resurskrävande, men teknologiska framsteg under de senaste årtiondena har lett till nya möjligheter, åtminstone för de arter som har en storskalig industri knuten till sig. Användning av unika genetiska markörer som kan kopplas antingen till en individs ursprung och släktskap eller till fysiska egenskaper, har lett till stora framsteg inom avel av atlantlax, till exempel för den norska odlade laxen.

På senare tid har även nya genomiska metoder utvecklats, som ger en mer kostnadseffektiv, men mindre omfattande kartläggning av arvsmassan, t.ex. så kallad ddRAD-sekvensering (double digest restrictionsite associated DNA sequencing). En annan fördel med de nya metoderna är att de inte kräver något komplett referensgenom för att kunna användas för avelsändamål.

SLU och Vattenbrukscentrum Norr AB bedriver gemensam forskning

Forskare vid SLU har tillsammans med Vattenbrukscentrum Norr AB, påbörjat arbetet med en genetisk kartläggning av den odlade rödingen genom ddRAD-sekvensering. Det Formas-finansierade projektet NextGenCharr, syftar till att introducera den senaste tekniken för genetisk kartläggning, så kallad next generation sequencing (NGS), i det svenska avelsprogrammet för röding. Kolarctic CBC-projektet ARCTAQUA har bland annat som mål att utreda genetikens betydelse för fertilitet och romöverlevnad hos röding. En av de största flaskhalsarna för ett hållbart avelsprogram och för en fortsatt expansion av odling av röding i Sverige är den låga romöverlevnaden, ett problem som avelsprogrammet hittills inte har fått bukt med.

Hittills har DNA-prover från 1730 rödingar med ursprung i avelsprogrammet analyserats, i syfte att utvärdera genetisk diversitet, inavelsgrad och eventuella kopplingar till den försämrade romöverlevnaden som uppfattas av många odlare.

Resultaten visar god genetisk status hos våra odlade rödingar

Inom ramen för avelsprogrammet har graden av inavel baserat på stamtavla (teoretiska uppskattningar baserade på genomsnittlig inavel utifrån släktskap) uppskattats till i genomsnitt 6 % efter 40 års avel. Genom en genomisk analys har den faktiska inavelsgraden kunnat fastställas till i genomsnitt 7 %, med en spridning från 3 % till 18 % mellan de olika individerna i besättningen. Inavel är oundvikligt inom avelsarbete och en genomsnittlig inavel på 6-7 % faller inom vad som anses acceptabelt för ett program som pågått så länge. Med den nya informationen om faktisk inavelsgrad hos enskilda individer kan man nu välja bort de fiskar som annars skulle bidra extra mycket till en ökad inavel inom avelsgruppen.

Resultaten visar på en god genetisk status hos avelsfisken och det finns inga tecken på att avelsarbetet är på väg in i en återvändsgränd, men fortsatt övervakning av genetisk diversitet kommer gagna ett långsiktigt hållbart avelsarbete. Analyserna visade inte på någon koppling mellan inavelsgrad och romöverlevnad, vilket tyder på att den låga reproduktionsframgången sannolikt inte är ett resultat av avelsarbetet. Det görs även analyser för att hitta genetiska markörer för fertilitet hos rödinghanarna.

Sammantaget bidrar arbetet med dessa nya metoder till att skapa goda förutsättningar för en hållbar utveckling för svenskodlad röding.

Länk till artikeln

A genomic-based vision on the genetic diversity and key performance traits in selectively bred Arctic charr (Salvelinus alpinus)
Authors: Christos Palaiokostas, Anam Anjum, Henrik Jeuthe, Khrystyna Kurta, Fernando Lopes Pinto, Dirk Jan de Koning