Skattningar av variantintolerans i grisens genom med helgenom-sekvensdata

Skattningar av variantintolerans i grisens genom med helgenom-sekvensdata

Mål 

Projektet syftar till att ta skatta variantintoleransen generna i grisens arvsmassa, och att ta reda på vilka familjer och typer av gener som tolererar variation mer eller mindre.

Bakgrund 

Den genetiska mångfalden i genomet påverkas bland annat av historiskt naturligt urval, som varierar i styrka mellan olika regioner och gener. Variantintintolerans är en metod för att mäta hur toleranta olika gener är för genetisk variation, och beskriva hur proteinkodande variation är fördelad. Det finns heltäckande kartor av variantintolerans hos mäniskor och modellorganismer, men mindre data om lantbrukets djur.

Projektbeskrivning 

Det här projektet kommer använda stora mängder offentligt tillgängliga sekvensdata för att skatta variantintolerans (med metoden residual variant intolerance scoring, RVIS) hos alla gener i grisens genom. Genfamiljer och grupper av gener som är särskilt toleranta eller intoleranta kommer att identifieras och jämföras med data från nötkreatur (från tidigare forskning i vår grupp) och människor. Om tid finns kan man också skatta RVIS på proteindomän-nivå.

Specifikationer

Lämpligt för: Husdjursvetenskap, Bioinformatik.