Genomets dynamik i husdjursavel: hur genomets egenskaper påverkar aveln

Djuravel bygger på att det finns genetisk variation mellan individerna i en art. Människan har valt ut djur som har de egenskaper man haft nytta av, och på så sätt förändras tamdjuren över tid. Modern avel använder genomisk selektion för att ta avelsbeslut, i form av DNA-tester som kopplar önskade egenskaper direkt till specifika genetiska varianter med hög precision. 

Vissa delar av genomet muterar (förändras) och rekombinerar (utbyter DNA mellan kromosomer) oftare än andra. Vi behöver veta hur sådana skillnader i lantbruksdjurens genom påverkar hur den genetiska variationen är fördelad och hur den minskar under avel. Med den kunskapen kan vi få en bättre förståelse för hur modern genomisk selektion, som baseras på tester av arvsmassan, fungerar på dna-nivå, vilket kan leda till hållbarare och mer exakt avel.

Vi vill ta reda på:

1. Hur den genetiska variationen är fördelad i genomet hos kor, grisar och höns, och hur förekomsten av rekombination och mutation varierar inom deras genom.
2. Hur historiskt naturligt urval påverkar vilka gener som bär på funktionell variation hos kor, grisar och höns, och hur genetiska varianter är kopplade till varandra.
3. Hur genomets egenskaper påverkar precisionen i genomisk selektion, och vår förmåga att kartlägga anlag som påverkar egenskaper.

För att åstadkomma detta kommer vi använda storskalig bioinformatisk och statistisk analys av offentligt tillgänglig DNA-sekvensdata från kor, grisar och höns, samt nya metoder för att simulera realistiska genomiska data, som utvecklats de senaste åren.