En jämförelse av genetiskt och genomiskt skattade varianser

Anne Loberg², Lucy Crooks³, Freddy Fikse², Joao Dürr^1,2 och Hossein Jorjani^1,2, 
¹Interbull Centre, P.O. Box 7023, 75007 Uppsala, ²SLU, Inst. för husdjursgenetik, Box 7023, 75007 Uppsala, ³ Wellcome Trust Sanger Institute, Cambridge, UK

För att nå önskade mål i aveln, behöver vi selektera de bästa djuren. För att identifiera dessa djur är en skattning av genetisk variation (och därmed arvbarhet) nödvändig, både på nationell och internationell nivå. I den här studien har olika metoder att skatta genetisk variation bedömts genom att jämföra storleken på den skattade genetiska variansen. Uppgifter om såväl nationella som internationella avelsvärden för en produktions-, en hälso-, en exteriör- samt en fruktsamhetsegenskap för 7038 Brown Swiss tjurar användes. Vi hade dessutom information från 44 826 SNP-markörer. Data representerar sju olika geografiska områden (länder). Fem olika sätt att skatta genetisk varians har studerats: a) individuella skattningar från varje geografiskt område, där fenotypiska värden från kor har använts (olika REML-varianter); b) skattning av varians på tillgängliga nationella avelsvärden; c) skattning av genetisk varians med EM-REML, som del av internationell avelsvärdering; d) genetisk varians skattad med allelfrekvenser och alleleffekter från en genomisk skattning av internationella avelsvärden, och e) genomisk skattning av genetisk varians med AI-REML. Resultat från metoden (a) har använts som referens. Storleken på den skattade genetiska variationen som skattats med de olika metoderna varierade mycket inom och mellan egenskaper. Dessutom påverkade även stamtavlan resultatet och detta kommer att undersökas ytterligare.