SAKNADE OBLIGATORISKA UPPGIFTER
Fråga: Hur gör man om man saknar en obligatorisk uppgift? Kan dessa resultat inte inrapporteras?
Svar: Jo, ange "-99" som värde och förklara varför i kolumnen "ANALYSKOMMENTAR".
TAXONNAMN
Fråga: I artlistorna kan man ibland ha två artnamn att välja på. Detta betyder att det är en av de två arterna, men att det inte går att avgöra utan att göra elektronmikroskopi, hur gör vi då? Värdefull information går ju förlorad om vi bara skriver sp.
Svar: Ange den alternativa arten i kolumnen "Analyskommentarer", så finns uppgifterna tillgängliga. Den angivna arten skall då flaggas med "cf" för att markera att viss osäkerhet finns.
Fråga: Har för mig att jag läst någonstans att databasen ska vara "flytande" dvs att äldre artnamn får samma taxonid som det nuvarande artnamnet, är det rätt? Jag arbetar med att överföra äldre växtplanktondata till databasen och ett problem är när enbart släktnamnet anges (några exempel är släktet Melosira där många arter bytte namn till Aulacoseria, släktet Synedra som delvis bytt namn till Fragilaria). När det i de äldre datalistorna står "Melosira sp" tycker jag att det borde rapporteras som "Aulacoseira sp" (Melosirasläktet finns ju fortfarande kvar men det är med största sannolikhet inte det släktet som avses). Hur ska jag göra i de här fallen, ändra släktnamnet och infoga en kommentar någonstans eller skriva in det släktnamn som anges i originalet? Min personliga uppfattning är att släktnamnet ska ändras i de fall där det går att utläsa ur artlistor av senare datum (givetvis från samma sjö) att det är det nyare släktnamnet som avses. Den här frågan är naturligtvis inte lätt att ge ett entydigt svar på men vi bör nog komma överens om hur man ska göra i dessa fall. Rapportering av det äldre släktnamnet, t ex Melosira, innebär troligtvis att det blir "fel" släkte som anges i databasen.
Svar: Artlistorna kommer i viss mån att vara "flytande" till en början när äldre data skall inrapporteras. I dessa fall måste det bli fråga om någon sorts expertbedömning som leverantören svarar för (eller leverantörens expert) för att undvika felklassningar. För att det i alla fall skall finnas en möjlighet att kunna korrigera om ny information skulle dyka upp som är det viktigt att skriva in originaluppgiften i kommentarsfältet.
Fråga: Vi har ett problem med "Tabellaria fenestrata var asterionelloides" som inte finns i Artfakta utan där kallas "Tabellaria flocculosa var. Asterionelloides" hur gör vi då, skriver "-99" och gör en anmärkning i "ANALYSKOMMENTAR"?
Svar: Ja, det är rätt sätt att ange att taxonid och/eller taxon namn inte överensstämmer. Det aktuella taxonet kontrolleras då manuellt gentemot Artfakta och antingen förs den in som en synonym, rättas om det är något fel i Artfakta eller så förs den in som ett nytt taxon.
Fråga: Auktorsbeteckningen finns inte med i "TAXONNAMN" enligt exemplet även om den hör dit? Borde dock vara lämpligare att lägga den i en separat kolumn så får man taxonnamnet renare? Auktorn kan ju skrivas på så många olika sätt; med eller utan primus auctor, med eller utan namnförkortningar, med eller utan verkreferens, med eller utan årtal. Jämför: "Kom.&Ana." mot "(Linné 1768) Komárek et Anagnostídis in Komárek 1986" (påhittat exempel).
Svar: Auktorsbeteckningarna skall finnas i Artfakta och just på grund av de många möjligheterna till stavningar och förkortningar är det att föredra att denna typ av uppgifter endast finns på ett ställe. Det viktiga i vår hantering av biologiska data är att taxonid:et är korrekt. All övrig taxonomisk hantering inklusive synonyma och historiska namn, samt auktorsbeteckningarna hålls aktuella och konsistenta i Artfakta.
Fråga: Vad betyder egentligen förkortningarna sp., spp, cf. och sl, och vad står de för?
Svar: Se listan nedan.
- sp. utläses species och betyder en ospecificerad art inom angivet släkte.
- spp. utläses species pluralis och betyder två eller fler ospecificerade arter inom angivet släkte.
- cf. utläses confer och betyder att taxonet liknar angivet taxon, men att bestämningen inte är helt säker.
- s.l. utläses sensu lato och betyder "i vidare bemärkelse". Används exempelvis om en grupp av liknande taxon som inte särskiljs med den aktuella litteraturen eller metoden.
STORLEKSKLASS
Fråga: Vad är SIZREF?!
Svar: Det är en rest från ursprungsmallen som är SMHI:s mall för marina växtplankton. Begreppet har tagits bort i mallen för limniska växtplankton.
Fråga: Om det står ø = 3-6 µm, hur ska det då föras in i cellen, bara som 3-6?
Svar: Leveransmallen har gjorts om och storleksintervallet anges nu i två kolumner. "STORLEK_MIN" och "STORLEK_MAX". Om det endast är fråga om en storlek och inget intervall, anges storleken i båda kolumnerna.
TÄTHET (celler/l)
Fråga: Denna uppgift finns inte angiven i våra rapporter. Att ta reda på det skulle vara väldigt arbetskrävande, hur gör vi med det?
Svar: Ange "-99" som värde och förklara i kolumnen "ANALYSKOMMENTAR".
KVALITATIVA PROV
Fråga: Hur skall vi ange kvalitativa prov? Vårt analyserade material består på senare tid av artlistor med en uppskattning på frekvens i form av en siffra (1-3, ibland 1-4) och av en artlista med biomassa på vanliga arter. Längre bak i tiden (70-80 tal) så finns inte biomassa med utan bara denna skattning av frekvens. Här kan man inte heller lägga in obligatoriska uppgifter på t ex täthet eller biovolym eftersom de uppgifterna inte finns. Materialet är ändå mycket intressant då det i många fall är samma taxonom som utfört analyserna i många år. Finns det möjlighet att lägga till en kolumn för skattad frekvens 1-3 eller 1-5?
Svar: En kolumn "KVAL_FREKV" har införts för inrapportering av uppskattade frekvenser i kvalitativa prov. OBS! De uppskattade frekvenserna måste knytas till en metodbeskrivning för att klargöra vad de olika frekvenserna motsvarar. Om metoden inte är allmänt känd skall en beskrivning i pdf-format bifogas leveransen (flera prov kan sedan vara kopplade till den gemensamma beskrivningen som endast behöver levereras en gång).
ANALYSLABORATORIUM
Fråga: Det saknas koder för några av våra analyslaboratorier hur gör vi?
Svar: Ange det aktuella laboratoriet e dyl i klartext. Kod kan sedan införas i senare versioner av leveransmallen.
Fråga: I leveransmallen efterfrågas både "ANALYSLABORATORIUM" och "TAXONOM", varför?
Svar: Uppgifter om analyserande laboratorium är en obligatorisk och viktigt ursprungsmärkning av analysresultatet eftersom det är laboratoriet som är ansvarig för kvalitetssäkringen av resultatet. Namnet på den taxonom som ansvarat för den enskilda analysen får gärna anges för fullständighetens skull, men taxonomens namn kommer inte att publiceras via hemsidan/webbapplikationen i samband med datasök/-uttag. Samtliga i leveransfilen angivna uppgifter kommer dock att finnas tillgängliga över internet via originalfilerna.
KVALITETSFRÅGOR
Fråga: Med tanke på SWEDAC:s ökande krav på mätosäkerhetsuppgifter på resultaten borde väl någon form av mätosäkerhetsmått finnas med, om än frivilligt? Exempelvis bredden på det 95%-iga konfidensintervallet som används av t ex HELCOM (Datavärdens anm: HELCOM:s manual för marina växtplankton).
Svar: Ett statistiskt osäkerhetsmått som endast återger en begränsad del av den totala osäkerheten i resultaten från en planktonanalys av den verkliga planktontätheten i den aktuella sjön vid det aktuella tillfället riskerar att invagga användaren i en falsk trygghet. Tillsvidare kommer därför inget osäkerhetsmått anges. Det föreslagna måttet som baseras på antalet räknade exemplar av ett visst taxon kan lätt beräknas i databasen om det blir aktuellt, förutsatt att denna uppgift finns angiven.
Fråga: Eventuellt skulle uppgifter om faskontrast, interferenskontrast etc. kunna behövas om man vill utvärdera rimligheten i en artbestämning.
Svar: En kolumn för införande av mikroskoptyp infogas i uppdaterad version av leveransmallen. Dessutom kommer från och med nu uppgift om provtagartyp att bli obligatoriskt vid en dataleverans för att säkerställa att väsentlig information som kan påverka kvaliteten på analysresultaten alltid kommer med vid en leverans.
FRÅGOR AV ALLMÄN KARAKTÄR
Fråga: Kanske behövs analysdatum? Vet dock inte hur det skulle vara relevant.
Svar: Tillsvidare kommer inte uppgift om analysdatum att läggas in i databasen, då det är utförande laboratoriums ansvar att se till att analysen sker inom provets hållbarhetstid (beror bland annat på konserveringsmetod och hur provet förvaras). Denna typ av uppgifter kan dock läggas till av dataleverantören i kolumnerna längst till höger i fliken "DATALEVERANS". Uppgifterna kommer inte att föras in i databasen, men kommer att finnas allmänt tillgängliga via internet i originalfilen.
Fråga: Ifall TPI eller andra index m.m. har beräknats på provet, borde inte de lagras i någon form med provet? Beräkningsgrunderna kan ju modifieras i framtiden och då finns väl ett visst värde i att veta hur resultaten rapporterades ursprungligen?
Svar: Olika relevanta index, samt klassningar av ekologisk status kommer att ske automatiserat i databasen/webbapplikationen i både aktuella och utgångna versioner (valbart), varför denna uppgift inte kommer att lagras in från dataleveransen. ). Denna typ av uppgifter kan dock läggas till av dataleverantören i kolumnerna längst till höger i fliken "DATALEVERANS". Uppgifterna kommer inte att föras in i databasen, men kommer att finnas allmänt tillgängliga via internet i originalfilen.