I sötvatten sker bottenfaunaundersökningar kvalitativt och kvantitativt i sjöars profundal och sublitoral (djupa respektive mellandjups bottnar), medan i sjöarnas litoral (strandzon) och i vattendrag är undersökningarna kvalitativa och semi-kvantitativa. Ofta skiljer man på undersökningsmetoder som är avsedda för att övervaka generella trender och undersökningar som framförallt är inriktade på att beskriva den biologiska mångfalden i enskilda objekt t ex genom förekomst av indikatortaxa och rödlistade arter.
Bottenfaunaprovtagning för trendövervakning
Vid provtagning i sjöars profundalzon, dvs på djupbottnarna, används en s k Ekmanhämtare. Proverna tas från en yta över sjöns djupområde. Hur stor yta som täcks beror framförallt på hur stor sjön är. I stora sjöar som Vänern, Vättern och Mälaren tas proverna inom ett område med en radie av 100 meter, medan i mindre sjöar är området av naturliga skäl mindre. Från området tas vanligen fem prover som sållas genom ett nät med en maskvidd av 0,5 mm. De sållade proverna konserveras med etanol till en slutkoncentration av 70-75%. Vanligtvis hålls proverna isär och analyseras separat för att man skall få en uppfattning om spridningen av de olika organismerna.
Från sublitoralen tas på samma sätt 5 prover, men inom ett mindre område än för profundalen. I stora sjöar har detta område en radie av 50 meter. Sublitoralen definieras som området strax nedanför rotad vegetation, men ovan de djupa bottnarna. Detta innebär att ofta tas proverna på 4-6 meters djup. I grunda sjöar kan prover tas något grundare. Proverna behandlas som de från profundalen.
Från litoralen, dvs sjöarnas strandzon, och från rinnande vatten tas s k sparkprover (kicksampling) med håv. Provtagningsdjupet är mellan 0 och 1 meter. I sjöar tas prover företrädesvis från vindexponerad hårdbotten och helst utan vegetation. Fem prover tas med håv utefter en strandsträcka på 10 meter. Varje prov tas på en sträcka om 1 meter under 20 sekunders sparkning. Proverna hålls vanligtvis isär för att man skall få en uppfattning om den statistiska spridningen av de olika organismerna.
I rinnande vatten tas prover från en sträcka med relativt lugnt forsande vatten. Liksom i sjöarnas standzon tas proverna utmed en 10-meters sträcka där fem prover à en meter vardera tas under en minuts sparkande. Även i detta fall hålls proverna normalt isär för att man skall få en uppfattning om den statistiska spridningen.
Valet av provsträckor i sjöars litoral och i vattendrag sker utifrån det syfte som ligger bakom insamlandet av "tidsserier". Proverna bör tas från likartat substrat, för att få en så liten variation mellan proverna som möjligt. Med detta förfaringssätt kan man på ett tidigt stadium statistiskt säkerställa eventuella förändringar i bottenfaunan (inom cirka 5 år). Väljer man istället ett alternativ där man besöker många olika biotoper kan man inte statistiskt säkerställa eventuella förändringar förrän efter cirka 20 år. Vid denna typ av inventeringar besöker vi då så många olika biotoper som möjligt, beroende på frågeställning och uppdragsgivarens önskemål.
Förändrad provtagningsmetodik
I de stora sjöarna, Hjälmaren, Mälaren, Vänern och Vättern användes fram till och med 1995 ett såll med maskstorleken 0,6 mm. Från och med 1996 används istället maskstorleken 0,5 mm.
I trendsjöarna (tidigare kallade referens- eller tidsseriesjöar) har vi hela tiden använt ett såll med maskstorleken 0,5 mm.
Bottenfaunaprovtagning för biodiversitet, samt rödlistade eller sällsynta arter
M42-inventering
Metoden skiljer sig från "trendövervakning" genom att provtagningen görs inom ett större och mer varierat provtagningsområde, 30 delprover tas inom en 50 meter lång sträcka, vilket bl.a. ökar möjligheten att finna rödlistade arter och indikatorarter. M42-inventeringar används främst om huvudintresset är biologisk mångfald eller för att undersöka förekomsten av indikatortaxa och/eller rödlistade arter. Varianten ett oberoende urval används även vid viss trendövervakning. M42 finns i två varianter, en kvalitativ och en kvantitativ, varav den sistnämnda är inriktad mot olika biotoper.
