Kalkning för att lindra skadeverkningar av försurning i vatten utgör vår största enskilda miljövårdsåtgärd och omfattar en betydande uppföljning i form av vattenkemisk och biologisk provtagning. Uppföljningen görs både i regional och i nationell regi
Den regionala kalkeffektuppföljningen omfattar både kemisk och biologisk provtagning. Den kemiska provtagningen syftar främst till att följa upp om kalkdoserna är rätt anpassade för att uppfylla kalkningsmålen. Den är därför oftast begränsad till provtagning under suraste situationer och omfattar bara ett fåtal vattenkemiska parametrar, vanligtvis pH, alkalinitet och något mått på färg eller organiskt material.
Den nationella kalkeffektuppföljningen började 2007 med målsjöinventeringen. Cirka 3000 kalkade så kallade målsjöar analyserades med avseende på vattenkemiska sammansättningen under hösten 2007 och våren 2008. Provtagningen omfattade även omkring 1800 okalkade referenssjöar. Undersökningen syftade till att ge underlag till försurningsbedömningar av de kalkade sjöarna.
Under 2010 till 2013 provtogs en sjättedel av alla målsjöar provtas varje år med provtagning på hösten och efterföljande vår, så att hälften av sjöarna har fyra prover. 2010 till 2016 genomfördes ett motsvarande provtagningsprogram för kalkade målvattendrag och okalkade referensvattendrag.