Fakta:
Delprogrammet omfattar provtagning och analys av vattenkemi, bottenfauna och växtplankton i 106 sjöar, samt fisk i 45 av sjöarna. Sjöarnas ytvatten provtas för vattenkemisk analys 4 ggr/år motsvarande ett prov per säsong. Provtagning av bottenfauna och växtplankton sker en gång per år, höst (oktober) respektive sensommar (augusti) i ca 100 av dessa sjöar. Tio sjöar undersöks mer intensivt och i dessa genomförs månadsvisa provtagningar av vattenkemi under den isfria delen av året. Dessa sjöar ingår även metallanalyser två gånger per år, samt analyser av växtplankton och djurplankton 4 gånger per år. Dessutom genomförs årliga provfisken av institutionen för akvatiska resurser, samt provtagningar utförs av litoral, sublitoral och profundal bottenfauna. Även i 5 av de övriga sjöarna utförs provfisken årligen, samt i ytterligare 30 sjöar sker provfisken med ett omdrev så att varje sjö fiskas vart sjätte år.
De sjöar som undersöks är mellanstora sjöar med areor 0,02 - 52,6 km2, där medelsjöarean är 2 km2. Programmet startade 2007, men huvuddelen av sjöarna ingick tidigare i programmet för referenssjöar som startade 1984 (kallades tidsseriesjöar 1995 - 2006). Sjöarna valdes då ut att representera okalkade försurningskänsliga sjöar fördelade över hela landet, men med en tydlig tonvikt på södra Sverige. Vid en revidering 1995 - 1996 kompletterades programmet med fler sjöar i norra Sverige, samt bruna sjöar och sjöar i slättlandskapet. Syftet med programmet breddades därmed till att utgöra referensmaterial för alla svenska sjöar, dvs. i stort sett opåverkade av punktutsläpp och annan markanvändning än skogsbruk. Vid revideringen 2007 tillkom ytterligare sjöar för att programmet skulle representera samtliga limniska typer för rapporteringen enligt Vattenförvaltningsförordningen 2004:660 (VFF).